1999年，呼和浩特市重新区划，原属呼市郊区的毫沁营、保合少、小井三个乡划归新城区，原属新城区的人民路、大学路街道办事处划出。2000年机构改革，新城区撤销了小井乡，其所属各行政村分别划归毫沁营、保合少两个乡。同年，毫沁营乡撤乡建镇。自此，新城区辖一乡一镇、七个街道办事处。2001年新城区政府迁到呼伦北路。